Derfor er det nødvendigt at finde årsagen for at kunne forebygge, at det sker igen.

Vækst af uønskede mikroorganismer er ofte årsag til, at et produkt ikke har en acceptabel kvalitet i hele holdbarhedsperioden. De uønskede bakterier kan være nogle, der blot påvirker produktets ydre kvalitet (udseende, lugt og smag) - eller de kan være sygdomsfremkaldende. I begge tilfælde kan det blive aktuelt at kortlægge præcist, hvor kilden til bakterien er.

Et vigtigt redskab i den forbindelse er at identificere bakterien. En identifikation vil kunne bidrage med at opklare, hvor i processen problemet er opstået - eller til at finde den præcise forureningskilde.

Opdeling af bakterier
Traditionelt opdeler man bakterier i familie, slægt og art samt eventuelt underart (subtype). Som eksempel kan nævnes Escherichia coli O157: Familien er 'Enterobacteriaceae', slægten 'Escherichia', arten 'coli' og subtypen er O157.

Ofte er det nok til at give en idé om en årsag til kvalitetsbristen , hvis man bestemmer den slægt, forureningen hører til. Indeholder en pasteuriseret vare fx gramnegative bakterier, er der sandsynligvis tale om en efterkontaminering eller en defekt pasteur. Indeholder produktet derimod udelukkende sporedannere, som ikke dræbes ved en pasteurisering, så kan det være en dårlig råvare - eventuelt kombineret med langsom / utilstrækkelig nedkøling af varen.

Hvis man derimod finder Listeria monocytogenes i sin færdigvare, og samtidig finder den flere steder i produktionsområdet, så kan det være nødvendigt med en identifikation af, hvilken subtype det er, for at finde ud af, hvilket sted i produktionen forureningen sker.

Identifikationsmetoder

Eurofins Steins Laboratorium tilbyder identifikation af bakterier på flere niveauer.

Masse spektrometri

Til identifikation af bakterier anvender vi først og fremmest MALDI-TOF biotyper.

Princippet ved MALDI-TOF (Matrix-Assisted-Laser-Desorption-Ionization- Time-Of-Flight) masse spektrometri er, at bakteriearter har unikke proteinprofiler. Ved at bestemme bakteriens proteinprofil og sammenholde denne med profiler af kendte bakterier gemt i en database, kan vi hurtigt og sikkert bestemme bakteriens arts- eller slægtstilhørsforhold.

Udstyret har en høj kapacitet, og vi kan fx med fordel anvende det til at fastlægge sammensætningen af en bakterieflora ved problemer med høje kimtal. Det er også hurtigt at bekræfte eller afkræfte mistanke om patogene bakterier somStaf. aureus,Salmonella, Cronobacterosv. Dette tager flere dage med de traditionelle metoder.

Biokemiske metoder og mikroskopi

Hvis vi ikke kan finde den isolerede bakterie i MALDI-TOF databasen, så har vi en stribe mere traditionelle metoder, vi kan bruge - fx fase-kontrast mikroskopi, gram- og oxidasetest, sukkerforgæringer og undersøgelse for hæmolyse.

Genotypning

Hvis ingen af de ovenfornævnte metoder giver et resultat, eller hvis man ønsker en subtypning, kan vi anvende forskellige DNA- eller RNA-baserede typningsmetoder. En sekventering af 16s ribosomalt RNA giver ofte et godt resultat.

Serotypning

Man anvender stadig i udstrakt grad immunologisk bestemmelse af subtypen ved at bestemme, hvilke antigener bakterien besidder. Disse underarter kaldes serotyper, som fx eksemplet ovenfor med E. coli O157. Serotypning er stadigvæk den mest anvendte typningsmetode til Salmonella spp. For at finde serotypen er det dog nødvendigt at vide, hvilken slægt bakterien tilhører.

Der er mange forskellige muligheder for at få identificeret den eller de bakterier, der giver afvigelser i produktionen. Henvend jer til Eurofins Steins for at få afklaret, hvilken fremgangsmåde der vil være mest optimal i forhold til det aktuelle problem.